Подведомственным департаменту является государственное казенное учреждение Вологодской области «Центр комплексного обеспечения деятельности мировых судей».
В соответствии с постановлением Правительства Вологодской области от 27 ноября 2013 года № 1196 "О создании государственного казенного учреждения Вологодской области "Центр комплексного обеспечения деятельности мировых судей" на департамент возложены функции и полномочия учредителя данного учреждения.
